STTII lahir di Indonesia berkat Visi Ilahi yang dikaruniakan kepada Pdt. Chris Marantika, Th.D., D.D. Visi tersebut didoakan dan direalisasikan pada saat beliau menempuh pendidikan di Dallas Theological Seminary, Dallas, Texas, USA. Ada pun visi awal yang diberikan oleh Tuhan kepada Dr. Chris Marantika saat itu adalah INDONESIA 1.1.1., yaitu satu gereja di setiap satu desa dalam satu generasi.

Untuk mewujudkan visi besar tersebut, Dr. Chris Marantika mendirikan Yayasan Iman Indonesia (YII) pada tanggal 30 Juni 1976. Yayasan ini menjadi wadah awal pelayanan pendidikan teologi injili yang terarah dan terstruktur. Dari Yayasan Iman Indonesia inilah kemudian lahir Seminari Theologi Injili Indonesia (STII) pada tanggal 01 Agustus 1979. STII menjadi lembaga pendidikan tinggi teologi yang mempersiapkan tenaga hamba Tuhan yang berilmu, berkarakter, dan memiliki visi misi penginjilan yang kuat. Seiring waktu, lembaga ini berkembang menjadi Sekolah Tinggi Teologi Injili Indonesia (STTII), yang kini dikenal luas sebagai salah satu institusi teologi Injili terkemuka di Indonesia.

Tidak hanya berhenti di sana, dalam upaya mempercepat terwujudnya visi INDONESIA 1.1.1., Yayasan Iman Indonesia juga mendirikan Universitas Kristen Immanuel (UKRIM) pada tanggal 21 Juni 1982 di Yogyakarta. UKRIM membuka peluang pendidikan yang lebih luas bagi generasi muda Kristen Indonesia. Selain UKRIM, YII mendirikan berbagai cabang STII yang tersebar di kota-kota besar di Indonesia, antara lain: STII Jakarta, STII Surabaya, STII Medan, STII Palu, STII Purwokerto, STII Samarinda, STII Lombok, STII Ambon, STII Batam, STII Pontianak, dan STII Kupang. Keberadaan cabang-cabang ini menjadi bukti nyata komitmen memperluas jangkauan pendidikan teologi dan pelayanan gereja ke seluruh penjuru Nusantara.

Hingga saat ini, STTII Yogyakarta telah mewisuda lulusan-lulusan di berbagai jenjang pendidikan, mulai dari strata satu (S1), strata dua (S2), hingga strata tiga (S3). Para alumninya kini tersebar di berbagai bidang pelayanan, baik sebagai pemimpin rohani di gereja-gereja, dosen teologi, pemimpin struktural di berbagai STT, ketua sinode gereja, maupun profesional di berbagai bidang. Tidak sedikit lulusan STTII yang kini mengabdi sebagai pegawai negeri, anggota legislatif, serta menduduki jabatan penting di instansi pemerintah. Keberhasilan mereka menjadi bukti nyata bahwa STTII Yogyakarta tidak hanya menghasilkan lulusan yang cerdas secara akademik, tetapi juga pribadi yang memiliki integritas, visi pelayanan, dan pengaruh positif bagi bangsa dan negara.