STTII Yogyakarta berkomitmen untuk menghasilkan lulusan dengan karakter 3S, yakni keseimbangan antara aspek Sarjana (pengetahuan teologi alkitabiah yang mumpuni), Suci (kesalehan hidup dan karakter yang serupa Kristus), dan Setia (kecakapan dan kesetiaan pelayanan di gereja dan masyarakat).
STTII Yogyakarta berkomitmen untuk mengelola pendidikan yang bersifat 3i, yakni Imani (menjadikan iman sebagai dasar hidup), Injili (menjunjung Alkitab sebagai otoritas yang tertinggi), dan Interdenominasi (merangkul berbagai denominasi gereja untuk bekerja sama menunaikan Amanat Agung Tuhan Yesus).
STTII Yogyakarta berkomitmen untuk membentuk hamba Tuhan yang melayani dengan profil 3P, yakni Pengkhotbah (cakap menyusun dan menyampaikan khotbah ekspositori), Penginjil (semangat dalam penginjilan dan pendirian jemaat), dan Pengajar (mengajar kreatif di gereja dan lembaga pendidikan).
STTII Yogyakarta memiliki visi Indonesia 1.1.1, yakni pendirian satu jemaat dalam satu desa yang dicapai dalam satu generasi dengan metode atau strategi yang biblikal dan kontekstual sebagai wujud ketaatan terhadap Amanat Agung Tuhan Yesus dalam Matius 28:19-20 untuk memuridkan segala suku bangsa.