Struktural STTII Yogyakarta
Dr. Sumbut Yermianto, M.Th.
Ketua STTII Yogyakarta
Dr. Jani, M.Th.
Wakil Ketua I Bidang Akademik
Dra. Christina Tejaningsih, M.Pd.K.
Wakil Ketua II Bidang Keuangan
Philipus Pada Sulistya, M.Th.
Wakil Ketua III Bidang Kemahasiswaan
Dr. Noor Anggraito, M.Th.
Wakil Ketua IV Bidang Pelayanan
Anon Dwi Saputro, M.Th.
Kepala Program Studi S1 Teologi
Dr. Theophylus Doxa Ziraluo, M.Th.
Kepala Program Studi S2 Teologi
Dr. Philip Suciadi Chia, Ph.D.
Kepala Program Studi S3 Teologi